La dimensió metodològica de la competència científica fa referència a l’aprenentatge de les diferents capacitats que l’alumnat hauria de desenvolupar per fer ciència i per aprendre sobre la ciència.

Actualment s’està consolidant el concepte d’indagació per referir-nos a aprenentatges relacionats amb aquesta dimensió. Per indagació s’entén qualsevol procés que té per objectiu la construcció de models teòrics i resoldre dubtes o solucionar problemes, a partir de buscar dades i evidències que possibilitin posar a prova les idees inicials, reconstruir-les i fer-les créixer.
Comporta l’aprenentatge per part de l’alumnat de capacitats cognitives i tècniques relacionades amb comprendre i ser capaços d’aplicar els mètodes utilitzats per la ciència, amb la finalitat de donar resposta a les preguntes que es van generant. Tot i que aquestes capacitats estan força ben consensuades, en un procés d’investigació no hi ha un ordre predeterminat en la seva aplicació, ni una metodologia científica única.
L’aprenentatge de les ciències sempre requereix un treball experimental que possibiliti la recollida de proves o evidències. Sense experimentació no es pot dir que es faci ciència a l’aula ni, per tant, que s’aprengui ciències. Tanmateix, perquè aquesta experimentació sigui fructífera per construir coneixement científic, caldrà que estigui ben connectada amb la teoria que la fonamenta.

Indagar comporta interrelacionar el món de les idees i el món de les observacions, i regular que hi hagi coherència entre unes i altres amb l’objectiu de construir models teòrics que permetin predir o explicar nous fets.
Simarro, C., Couso, D., & Pintó, R. (2013). Indagació basada en la modelització : un marc per al treball pràctic. Ciències, 25, 35–43.
La regulació es fa a partir de contrastar les idees i les observacions, expressant-les utilitzant llenguatges i modes comunicatius diversos. Cal recordar que les persones científiques generen teories i les van millorant tenint en compte les proves recollides a partir del treball experimental, els debats entre iguals en congressos i altres trobades, així com també de l’escriptura i lectura d’articles.

En aquest quadre es recullen les principals característiques d’un procés d’indagació. Com es pot observar, aquest procés no és lineal i els camins poden ser diversos. A vegades es parteix de l’observació i d’altres de la teoria, però aquesta és un referent imprescindible en qualsevol de les fases ja que estan totes interconnectades.